здесь говорится о биоэнергетическом симуляторе – т.е. математической, скорее всего, модели процесса получения топлива из биомассы.

The simulator will then return the outputs of the simulation = результаты работы модели, т.е. некие расчётные данные. Дальше эти данные (the outputs) перечислены, и среди них, естественно, энергоёмкость биомассы и кол-во энергии, полученное из этой биомассы. Ну и общее кол-во энергии, которое даёт энергоёмкость при делении на единицу массы (кг).

Далее:
energy output for electricity, heat, or transport and possible applications of the bioenergy produced.
Это, опять же, кол-во энергии, получаемое в результате сжигания полученного биотоплива.
Скорее всего модель пытается рассчитать, сколько энергии можно получить на выходе всего процесса. Разница между содержанием энергии в биомассе (её кол-вом) и кол-вом энергии, полученной в результате сжигания биотоплива будет в потерях на эффективность сначала извлечения энергии из биомассы, а затем в потерях (затратах энергии) на переработку биомассы.
,
Но, в любом случае, "количество энергии" (в Кал или Дж) подойдёт.