Jul 22, 2019 11:49
4 yrs ago
English term
hard clipped base
English to Russian
Science
Genetics
секвенирование
In literature when the inserted sequence is at the edges of the sequence it is also referred to as “soft clipped” (i.e. the nucleotides are not matching the reference but are kept in the aligned reads contrarily to “hard clipped” nucleotides which are discarded).
Существуют ли общепринятый термин на русском языке?
Существуют ли общепринятый термин на русском языке?
Proposed translations
(Russian)
| 5 | жестко отсекаемое основание |
Natalie
|
| 3 +1 | Отдельные нуклеотиды не присутствуют в риде |
Vadim Bogdanov
|
Proposed translations
1 day 20 hrs
Selected
жестко отсекаемое основание
Соответственно, soft clipped - мягко отсекаемое основание (soft clipping = мягкое отсечение). Имеется в виду то, как учитываются те или иные основания, находящиеся на концах секвенированных последовательностей: жестко отсекаемые нуклеотиды отбрасываются, мягко отсекаемые остаются, что допускает определенное перекрывание концов последоватеьностей.
Вот здесь - https://tinyurl.com/y6kaslhj - есть комментарии к софту для секвенирования, где в комментариях вы сможете найти много полезного.
--------------------------------------------------
Note added at 1 day 21 hrs (2019-07-24 08:51:19 GMT)
--------------------------------------------------
По-русски это так и называется: мягкое/жесткое отсечение, мягко/жестко отсекаемые нуклеотиды. Иногда можно встретить "обрезаемые", но это звучит не очень.
Вот здесь - https://tinyurl.com/y6kaslhj - есть комментарии к софту для секвенирования, где в комментариях вы сможете найти много полезного.
--------------------------------------------------
Note added at 1 day 21 hrs (2019-07-24 08:51:19 GMT)
--------------------------------------------------
По-русски это так и называется: мягкое/жесткое отсечение, мягко/жестко отсекаемые нуклеотиды. Иногда можно встретить "обрезаемые", но это звучит не очень.
Note from asker:
| Спасибо! Смысл мне был понятен, я хотел узнать общепринятый термин, если таковой существует. |
4 KudoZ points awarded for this answer.
+1
50 mins
Отдельные нуклеотиды не присутствуют в риде
soft clipped - Лишние нуклеотиды присутствуют в риде
См. Таблица 1.3, "СПОСОБЫ УСКОРЕНИЯ АЛГОРИТМА ВЫРАВНИВАНИЯ В АНАЛИЗЕ
БИОЛОГИЧЕСКОГО ГЕНОМА" (1-я ссылка).
И аналогичную таблицу для поля CIGAR по 2-й ссылке.
А также ссылку https://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM.
--------------------------------------------------
Note added at 8 час (2019-07-22 19:49:51 GMT)
--------------------------------------------------
... в отличие от отдельных нуклеотидов, которые не присутствуют в риде... Как-то так.
См. Таблица 1.3, "СПОСОБЫ УСКОРЕНИЯ АЛГОРИТМА ВЫРАВНИВАНИЯ В АНАЛИЗЕ
БИОЛОГИЧЕСКОГО ГЕНОМА" (1-я ссылка).
И аналогичную таблицу для поля CIGAR по 2-й ссылке.
А также ссылку https://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM.
--------------------------------------------------
Note added at 8 час (2019-07-22 19:49:51 GMT)
--------------------------------------------------
... в отличие от отдельных нуклеотидов, которые не присутствуют в риде... Как-то так.
Note from asker:
| Спасибо! |
| То есть, если исходить из приведенного мной фрагмента, эту вставляемую последовательность иначе называют «Отдельные нуклеотиды не присутствуют в риде»? Как-то не вяжется. |
Something went wrong...