Jan 19, 2019 09:43
5 yrs ago
1 viewer *
English term

surface burial method

English to Russian Science Science (general)
The contact residues were identified by calculating the difference in accessible surface area between the Fab crystal structure and hTIM3 structure alone ("surface burial method").
residues that show buried surface area upon complex formation with Fab were defined as being part of the contact residues

Discussion

Natalie Jan 19, 2019:
Хе-хе... Так и я именно о том, что остатки скрываются именно вследствие контакта :-)
Igor Andreev Jan 19, 2019:
В контексте понятно, речь идет о формировании комплекса.
И о surface burial без понимания контекста можно много чего придумать (см. пример ниже)
Контактную поверхность как раз и можно определить путем поиска остатков, которые "скрываются" или перестают быть экспонированными на поверхности и доступными для модификации.
Natalie Jan 19, 2019:
Конечно, нам с вами понятно, но неизвестно, будет ли понятно другим. Если написать "скрытая", то непонятно, за счет чего она вдруг взяла и "скрылась".
Igor Andreev Jan 19, 2019:
Это interface surface.
В данном случае рассматривается аспект доступности и противопоставляется accessible surface area и buried surface area при образовании белкового комплекса. Поэтому кажется нет никаких противоречий или препятствий для такого перевода
Natalie Jan 19, 2019:
Игорь, но эту скрытую поверхность уже принято называть контактной, а не скрытой.
Igor Andreev Jan 19, 2019:
в любом случае, buried surface area точно переводил бы как площадь скрытой поверхности
Igor Andreev Jan 19, 2019:
Натали, если в контексте анализа белок-белкового взаимодействия, мне кажется будет вполне понятно о чем речь, можно просто анализ скрытой поверхности
Ведь по сути никто не куда не тонет и не погружается в глубину молекулы, а просто скрывается часть поверхности белковой молекулы в области контакта, в результате чего аминокислотные остатки, ранее экспонированные на поверхности, утрачивают доступность для взаимодействия.
Впрочем не настаиваю, поскольку как Вы справедливо заметили : метод пока не имеет особого названия
Aleksey Smirnov Jan 19, 2019:
Ссылка по теме
http://bartellab.wi.mit.edu/publication_reprints/Koldobskaya...
Метод поверхностного захоронения применительно к этой теме я нигде не нашел...

Proposed translations

+1
47 mins
Selected

метод определения «утопленных» поверхностных остатков / контактной поверхности молекул

Этот метод не имеет особого названия; это метод, позволящий определить, какие поверхностные группы окажутся «утопленными» при формировании контактной поверхности (в данном случае при кристаллизации белков).

Вuried surface area - площадь контактной поверхности между [докируемыми] белками, см., например:
_____________________
BSA (Buried Surface Area) — площадь контактной поверхности между докируемыми белками, Isc — поверхностная оценочная функция (Interface scoring function); Evdw — значение энергии Ван-дерваальсовых взаимодействий; N(sb) — количество солевых мостиков; N(hb) — количество водородных связей.
https://ipnk.basnet.by/attachments/623/MagisterskiiVestnikP2... (стр. 19Б примечание внизу)
______________________________
На этом основании была предложена модель, согласно которой аламетицин образует в мембране агрегат с утопленной гидрофобной а-спиральной частью и выступающей гидрофильной С-концевой частью.
http://www.chem.msu.su/rus/books/ovchinnikov/p547-636.pdf (фактическая стр. 57, или 603, если пользоваться нумерацией в тексте)
________________________

Слово "утопленный" в таком контексте можно писать как в кавычках, так и без, поскольку оно применяется довольно широко.
Peer comment(s):

agree Aleksey Smirnov
5 hrs
Спасибо!
neutral Igor Andreev : в последнем случае (последняя ссылка) чаще используют "погруженный" и точно без кавычек )
8 hrs
Погруженный - один из возможных синонимов, спасибо.
Something went wrong...
4 KudoZ points awarded for this answer. Comment: "Спасибо!"
-1
15 mins

метод поверхностного захоронения

Peer comment(s):

disagree Natalie : Поверхностное захоронение применяют, например, для радиоактивных отходов. Ссылка не имеет совершенно никакого отношения к делу, к тому же в 1983 г., когда она была издана, обсуждаемой здесь тематики вообще не существовало
34 mins
ну и нэхай для отходов и всего остального, моя ссылка для кристаллов, и они не красные:-)
Something went wrong...
9 hrs

анализ [площади] поверхности, скрытой при взаимодействии

Расчет площади поверхности (SAS), скрытой при взаимодействии, отражает вклад гидрофобного эффекта
http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_10/ppt/Surface&Domains.ppt

Геометрическому докингу как методу определения структуры лиганд белковых комплексов присущи некоторые недостатки. Во-первых, он предполагает неизменность конформаций лиганда и мишени, которые, в действительности адаптируются друг к другу. Во-вторых, площадь скрытой поверхности отражает пространственную комплементарность взаимодействующих молекул, но и позволяет оценить энергию их взаимодействия и предсказать устойчивость комплексов. В принципе, может оказаться, что в реальном комплексе скрыта поверхность меньше максимально возможной, т.к. при этом более эффективно скажем, кулоновское взаимодействие или образуются дополнительные водородные связи.
http://earthpapers.net/molekulyarnyy-doking-pri-issledovanii...

одно из значений buried - скрытый
Peer comment(s):

neutral Natalie : Ой, нет, Игорь, "скрытой при взаимодействии" - это что-то совершенно непонятное, вдумайтесь, можно ли понять, что это означает.
13 mins
Спасибо за замечание, перешел в окно для обсуждения..
Something went wrong...
Term search
  • All of ProZ.com
  • Term search
  • Jobs
  • Forums
  • Multiple search