In order to be sure I would need to see the context, but the reference to the Canary Islands and the sixteenth century makes it very likely that, as you suspect, this refers to the wine known as "vidonia" in English.

First, "veduño", "viduño" and "vidueño" are all historical variants of the same word, as can be seen from consulting the first RAE dictionary of 1739. Its dictionary definition there is "La calidad, ò especie, ù casta de las vides, ò uvas".
http://ntlle.rae.es/ntlle/SrvltGUIMenuNtlle?cmd=Lema&sec=1.0...
In other words, a variety of vine.

However, "vidueño" (or "viduño") is also the name given to a specific kind of wine from the Canaries:

"El término “vidueño” era utilizado en el siglo XVI y XVII para aquellas variedades que se elaboraban conjuntamente, dando lugar al “vino de toda uva”."
http://www.papasantiguasdecanarias.org/gastronomia_recetas.p...

It's still used as a Canarian wine name today. Historically, it was a recognised kind of wine that was very well known and exported in large quantities. It was consumed in England as early as the sixteenth century, as an alternative to madeira, made from "malvasía" or malmsey grapes (hence "malmsey wine"). And in English, this variety of wine, from Tenerife, was called "vidonia", which is clearly derived from "viduño":

"13. EL SIGLO XVIII EN CANARIAS
Productos de exportación en el siglo XVIII
[...] El vidueño, otra variedad de vino tinerfeño, surgió en este siglo como una necesidad o alternativa al declive de la exportación del malvasía. Los ingleses, los antiguos compradores del vino, se negaron a seguir comprándolo, porque les resultaba más barato comprar el de Madeira o el procedente de Portugal y sur de España. Hubo también un cambio de gustos en los consumidores ingleses, y esto, añadido a las continuas guerras entre España e Inglaterra, por motivos de rivalidad colonial, llevó al malvasía a la ruina.
La respuesta de los cosecheros canarios fue producir un vino de parecidas características al de Madeira; de aquí que se le denominara “falso Madeira” o vidueño. Para ello, hubo de traerse cepas de aquella isla, vendimiar sobre lo verde y mezclar o encabezarlo con vino tinto y aguardiente procedente en su mayor parte de Mallorca. El vino permanecía en bodega durante al menos tres años hasta su definitiva exportación. El vidueño se exportaba en su mayor parte a las llamadas Trece Colonias (Puertos de Filadelfia y Boston) y a Inglaterra. Se llegaron a negociar considerables cantidades de vidueño y aguardiente, y el Puerto de la Cruz y Santa Cruz fueron los puertos de exportación."
http://www.gevic.net/info/contenidos/opcionesMenu_preview.ph...

"La emancipación de Portugal de la Corona española y su conversión en aliado preferencial de Gran Bretaña prohíbe las exportaciones canarias de viduño a las colonias portuguesas y británicas de América y paulatinamente gravará hasta prácticamente hacer desaparecer o reducir al mínimo las de malvasía al mercado británico."
http://angelicaguanche03.wordpress.com/2012/02/01/

" Vi*do"ni*a (?), n. [Cf. Pg. vidonho the quality of grapes, Sp. veduño.] A dry white wine, of a tart flavor, produced in Teneriffe; -- called also Teneriffe."
Webster, 1913
http://machaut.uchicago.edu/?resource=Webster's&word=vidonia...

"Canary Island Wines

The Canary Islands have long been celebrated for their wines. The favourite Teneriffe wine is Vidueno or Vidonia. Canary sack is supposed to have been made from the Malvasia sweet grape, whereas the modern sack is dry (sec). The best vineyards are at Orotava, S. Ursula, Ycod de los Vinos, Buenavista, and Valle de Guerra."
James Mew, Drinks of the World (1892).
http://chestofbooks.com/food/beverages/Drinks-Of-The-World/C...

Quite clearly, therefore, "vidueño" or "viduño", in the context of the Canary Islands, denotes a particular kind of white wine, which was well known in Britain (and America) where it was known as "vidonia". It was the basis of "Canary sack", a variety of sack or fortified wine, often mentioned in Shakespeare.

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Note added at 1 hr (2012-10-04 10:18:18 GMT)
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A search for "vidonia" in Google books produces many fascinating historical references to this wine.