Esto es lo que implica "if not in fact": el público se cree que son falsas alarmas, aunque en realidad no siempre son falsas sino reales.

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Note added at 1 hr (2012-03-09 22:08:37 GMT)
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El sentido de "if" aquí es este:

"if
7 despite being (used before an adjective or adverb to introduce a contrast):
she was honest, if a little brutal</n>"
http://oxforddictionaries.com/definition/if?region=us&q=if

"If not" significa aquí "even if not"; "the alarms are false from the public viewpoint, despite not being false in fact". Si se avisa y luego no se produce ningún desastre, el público se cree que ha sido una falsa alarma, pero a veces el peligro ha sido real pero por suerte no ha llegado a notarse.

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Note added at 1 hr (2012-03-09 22:10:16 GMT)
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O sea: "false alarms from the public viewpoint, [even] if not [false alarms] in fact".