Terme exact? Il n'y en a pas, puisque, en France du moins, il n'existe pas d'autonomies régionales. Je laisserais ces termes en italiques, avec, la première fois, une explication entre parenthèses ou bien une note. Si malgré tout vous souhaitez traduire, la méthode adoptée dans le document ci-joint n'est pas mauvaise. Je cite (page 10) :
"La traduction de consejeria par "ministère" paraît la plus pertinente, si l'on considère que les communautés autonomes
sont équivalentes à des états fédérés. Les guillemets rappellent qu'il est question de la communauté autonome et non de
l'Etat central."

"vice-ministère" rendra vice-consejería.

http://www.iau-idf.fr/fileadmin/Etudes/etude_619/Les_investi...

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Note added at 4 heures (2012-01-13 12:22:58 GMT)
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Oui, pourquoi pas? C'est la solution adoptée il y a quelques années par un collègue de Proz:

http://fra.proz.com/kudoz/spanish_to_french/law_general/8308...