מְנַקֵּר בְּמוֹחוֹ
ת [שאול מן המעשה ב"יתוש שנכנס בחוטמו (של טיטוס) וניקר במוחו שבע שנים", גִטין נו:] מַטְרִיד אֶת מַחְשַׁבְתּוֹ, אֵינוֹ נוֹתֵן לוֹ מָנוֹחַ: "וְנִתְאַוָּה לֵידַע כַּמָּה דְּבָרִים סְתוּמִים שֶׁהָיוּ מְנַקְּרִים בְּמוֹחוֹ וְדוֹרְשִׁים פִּתְרוֹן" (מנדלי מו"ס, רסח). "שְׁאֵלוֹת פְּרָטִיּוֹת מְנַקְּרוֹת עַתָּה בְּמוֹחוֹ שֶׁל כָּל אִישׁ יִשְׂרָאֵל" (אחד העם, שלג). רַעֲיוֹן נוֹעָז מְנַקֵּר בְּמוֹחוֹ יָמִים רַבִּים.

דוגמאות מתוך מילון אבן שושן המלא

לכלות את נפשי מדאגה/מרוב דאגות

All the other suggestions are too subtle, IMHO.

consume is definitely in the לכלות sense in this sentence. The character thinks that if they give in to fear, anxiety will become a paralyzing force that will render them helpless...
מנקר ומכרסם במוחי/מחשבותי
Both signify thoughts that will not go away and keep bugging the person, but I don't think they necessarily mean that they have a significant effect on the outside. I could perfectly accept a sentence like:
"מבחוץ נותרתי רגוע ושקול, אך בתוך תוכי כרסם הפחד"
etc. whereas הטריף את דעתי
I think clearly states a more porfoundly visible effect.

About your translation, I think you misinterpreted the first part of the sentence. I believe what ehe writer means by "I must be realistic to protect myself" isn't "I must be realistic in order to protect myself" but rather "realistically, what I must do is protect myself". I have seen this kind of wording before, but I would be hard pressed to find an example. However, if you read it that way you'll see that the sentence makes much more sense.




--------------------------------------------------
Note added at 7 hrs (2010-10-27 10:48:43 GMT)
--------------------------------------------------

יותר משהו בסגנון: "אין ספק שההגיון/המצב מחייב שאגן על עצמי, אך אם אתן לפחד דריסת רגל, הוא עלול לעכב את התקדמותי או שהחרדה תשתלט על מוחי"
(או אולי "קורא לכך" במקום "מחייב", אע"פ שנראה לי שזה אינגלוז ולא בהכרח עברית)

נראה לי הכי קרוב למשמעות באנגלית
מילון רב מילים:
הפחית, הוריד, גרע (מערכו של משהו); שחק באופן הדרגתי.
• המחדלים שנחשפו לאחרונה מכרסמים בתדמיתה של המפלגה ופוגעים בכוחה.
• אותות הגיל לא ניכרים בה והשנים החולפות לא הצליחו לכרסם ביופיה.

--------------------------------------------------
Note added at 2 hrs (2010-10-27 05:25:27 GMT)
--------------------------------------------------

עוד אפשרות
"כילתה את מחשבתי"
consume = צָרַךְ, אָכַל; כִּלָּה


--------------------------------------------------
Note added at 7 hrs (2010-10-27 11:05:20 GMT)
--------------------------------------------------

certainly, I thought, I must be realistic to protect myself, but too much fear could either stifle my progress or consume my mind with anxiety.
סברתי שכמובן שיהיה עליי להיות מציאותי כדי להגן על עצמי, אולם יותר מידי פחד עלול לעצור את התקדמותי או לכרסם במוחי/לכלות את מחשבותיי מרוב דאגה.
זה מה שנראה לי:)